Оценка эпидемической безопасности воды в отношении вирусов базируется на методах, позволяющих определять в пробах инфекционные вирусные агенты. До настоящего времени инфекционные вирусные частицы выявляли путем использования классических методов выделения на клеточных культурах. Метод трех последовательных пассажей на 2-х культурах чувствительных клеток является «золотым стандартом» для обнаружения вирусных агентов как в пробах воды, так и в клинических материалах. Однако, он требует больших временных затрат (3-4 недели), что существенно, особенно в период эпидемий и вспышек вирусных инфекций.

Нами разработан метод экспресс-определения инфекционных энтеровирусов в пробах воды. Основой разработанного метода является обнаружение репликативного интермедиата вируса в клетке посредством полимеразной цепной реакции со стадией обратной транскрипции (RT-PCR), интегрированной с культурой клеток. В случае энтеровирусов, репликативный интермедиат - это РНК негативной полярности, которая появляется во время репликации вируса в клетке. В наших экспериментах негативная РНК обнаруживалась уже через 6 часов после внесения в культуру клеток вируса Коксаки В3 в концентрации 1-1,5 lg ТЦД₅₀/мл. Такая высокая чувствительность метода обусловлена многократным накоплением единичных копий РНК в RT-PCR.

Таким образом, сочетание классического культурального метода и RT-PCR позволяет значительно сократить время, необходимое для выявления вирусов, и определить принадлежность изучаемых агентов к энтеровирусам благодаря использованию специфических праймерных последовательностей. Кроме того, данный метод, основанный на определении репликативного интермедиата - негативной РНК - дает возможность избежать ложноположительных результатов в отношении инфекционных потенций вирусного агента, что не исключено при определении РНК позитивной полярности, входящей в состав вириона.