Установлено, что в пределах ареала вируса клещевого энцефалита определяется три его генотипа: дальневосточный (генотип 1), западный (генотип 2), урало-сибирский (генотип 3). Различия в нуклеотидных последовательностях геномов штаммов данных генотипов являются довольно существенными и достигают уровня видовых различий между флавивирусами. Проведенными исследованиями совместно с В.И. Злобиным по генотипированию штаммов методом молекулярной гибридизации нуклеиновых кислот показано, что на территории Республики Беларусь циркулируют в основном штаммы, относящиеся к западному генотипу вируса КЭ, хотя в одном случае был выявлен штамм вируса КЭ, относящийся к генотипу 1.

Целью настоящего исследования явилось определение генотипов трех штаммов вируса КЭ, изолированных из крови и ликвора больных (Ш-Кэ, Ул-198А и Ка-КЭ) с помощью секвенирования.

Выделение РНК исследуемых штаммов КЭ проводили с помощью TRI-reagent (SigmaAldrich). Полученная РНК была обратно транскрибирована при помощи набора «RevertAid M-MuLV Reverse Transcriptase» (Fermentas), а затем амплифицирована с праймерами, ограничивающими фрагмент в пределах Е-гена КЭ. Нуклеотидную последовательность определяли в реакции термоциклического секвенирования с использованием набора ThermoSequenase Cy5 Dye Terminator Kit и автоматического ДНК-анализатора ALFexpress II. Поиск гомологичных последовательностей в базе данных GenBank проводили с помощью программы BLAST. Нуклеотидные последовательности выравнивались с помощью программы ClustalW v.1.81. Филогенетическая реконструкция осуществлялась по алгоритму Neighbor-joining на основании эволюционных расстояний между последовательностями, рассчитанными в соответствии с моделью эволюции Тамура и Ней (1993) с помощью программы MEGA v. 3.1. Достоверность топологий полученных филограмм оценивалась методом повторных выборок на основании анализа 1000 псевдореплик (bootstrapping). Для молекулярного типирования исследуемых штаммов КЭ проводили сравнение их нуклеотидных последовательностей с 3 прототипными штаммами вирусов дальневосточного, западного и урало-сибирского КЭ.

В результате проведенных молекулярно-биологических исследований 3-х штаммов вируса клещевого энцефалита (Ш-Кэ, Ул-198А и Ка-КЭ) были определены нуклеотидные последовательности фрагмента Е-гена для штамма Ш-Кэ – длиной 519 нуклеотидов, для штаммов Ул-198А и Ка-КЭ – 490 и 491 соответственно. Установлено, что нуклеотидная последовательность всех исследованных штаммов КЭ была практически идентична нуклеотидной последовательности штамма Neudoerfl (1,7-2% различий), с двумя другими прототипными штаммами – Vasilchenko и Sofjin все исследованные штаммы обнаруживали 13,8-17,5% различий в нуклеотидной последовательности. Показано, что все исследованные штаммы КЭ – Ш-Кэ, Ул-198А и Ка-КЭ группировались с прототипным штаммом Neudoerfl. На основании полученных данных был сделан вывод о принадлежности исследованных штаммов ко 2 (западному) генотипу вируса КЭ.