УДК: 578.823.91(476)
Год издания: 2011
Банк изолятов ротавирусов различных G-P- типов и информационный ресурс «Характеристика изолятов ротавирусов, выделенных в Республике Беларусь»
Плотникова К.Ю., Виринская А.С., Новацкая Ю.В., Ефимов А.В., Гудков В.Г.
Рубрики: 34.25.00, 34.25.39
Республиканский научно-практический центр эпидемиологии и микробиологии
Тема НИР: «Разработать систему дозорного эпидемиологического надзора с подсистемами молекулярно-эпидемиологического и серологического мониторинга с целью усовершенствования эпидемиологического надзора и снижения заболеваемости ротавирусной инфекцией в республике»
Сроки выполнения НИР: январь 2009 г. —декабрь 2010 г.
Научный руководитель: канд. мед. наук, доц. В.Г. Гудков
Источник финансирования: госбюджет
Молекулярно-эпидемиологический мониторинг популяции ротавирусов является важным компонентом современной системы эпидемиологического надзора за ротавирусной инфекцией. С целью последующего анализа и проведения дополнительных исследований генетические варианты возбудителя накапливаются в пополняемом банке изолятов ротавирусов, а результаты мониторирования отражаются в соответствующем информационном ресурсе.
С этой целью проводилось типирование изолятов ротавирусов методом мультиплексной однораундовой ПЦР по генам, кодирующим структурные белки вириона VP4 и VP7. Последний является главным гликопротеиновым антигеном внешней оболочки, и определяемый им серотип обозначается как G-тип. VP4 обозначается как Р-тип.
Материалом для исследования служили пробы фекалий детей с лабораторно подтвержденным диагнозом РВИ, поступившими из различных регионов республики. Исследован 301 образец фекалий, собранный за период 2005-2010 гг. с показателем оптической плотности в ИФА на наличие ротавирусного антигена не менее 2.0 о.е.
Выделенные изоляты ротавирусов имели различные G и P генотипы и их сочетания. Наиболее часто, у 221 (73,4%) изолята, определялся генотип Р8. 78 (25,9%) изолятов имели генотип Р4, 2 (0,7%) - Р9. G-генотип исследованных изолятов ротавирусов отличался большим разнообразием. Были выявлены 5 G-генотипов ротавирусов: G1 - 34 изолята, G2 - 76, G3 - 25, G4 - 162, G9 - 2, G4+G3 - 2 изолята. Распределение исследованных изолятов ротавирусов по обеим генотипическим группам за 2005-2010гг. выглядело следующим образом: G1P8 - 34 (11,4%), G3P8 - 23 (7,6%), G4P8 - 161 (53,5%), G9P8 - 2 (0,7%), G2P4 - 76 (25,25%), G4P4 - 1 (0,3%), G4+G3 Р8 - 1 (0,3%), G4+G3 Р8 - 1 (0,3%).
Таким образом, доминантными G-P-типами являются G4P8 (53,5%) и G2P4 (25,25%). Среди G-типов превалирует G4 (53,8%), а среди P-типов - P8 (73,4%).
Создан банк изолятов ротавирусов, выделенных во всех регионах Республики Беларусь: г. Минск - 170 изолятов, Брестская область - 34, Витебская - 21 изолят, Гомельская - 15, Гродненская - 13, Минская - 9, Могилевская - 39 изолятов.
Полученные данные о популяции ротавирусов в республике размещены в специально разработанном информационном ресурсе (ИР) «Характеристика изолятов ротавирусов, выделенных в Республике Беларусь», позволяющем систематизировать и автоматизировать обработку информации.
ИР разработан на матрице MS Access 2007, являющейся составной частью пакета Microsoft Office 2007 и характеризуется удобством и наглядностью интерфейса, наличием хорошо организованной справочной системы, большим количеством мастеров и подсказок, взаимосвязанностью с остальными компонентами Microsoft Office 2007.
Microsoft Office Access 2007 служит для создания и управления реляционными БД, где вся первичная информация хранится в виде таблиц. ИР «Характеристика ротавирусов, выделенных в Республике Беларусь» является реляционной базой данных: она представляет собой таблицы, связанные между собой. Создание связи между таблицами позволяет поддерживать ссылочную целостность, анализировать и формировать отчеты по данным из нескольких таблиц.
БД содержит следующие таблицы: материал, вид материала, пациент (контактный), диагноз, учреждения, Р-тип, G-тип. ИР содержит также следующие формы: заставка, главная, характеристика образца, сведения о пациенте (контактном), характеристика возбудителя, ввод и изменение данных, изоляты, пациенты, учреждения.
Таким образом, в Республике Беларусь организован молекулярно-эпидемиологический мониторинг популяции ротавирусов, проведено генотипирование 301 изолята этого возбудителя по G- и Р-типам, создан банк изолятов ротавирусов, выделенных во всех регионах страны. На матрице MS Access 2007 разработан соответствующий информационный ресурс, зарегистрированый в Государственном регистре информационных ресурсов Республики Беларусь (рег. свидетельство №1761000917 от 15.06.2010 г.).
Область применения: эпидемиологический надзор за ротавирусной инфекцией, научные исследования.
Рекомендации по использованию: в системе эпидемиологического надзора за ротавирусной инфекцией, в научных исследованиях.
Предложения по сотрудничеству: консультативная помощь при внедрении; обмен информацией по характеристике популяции ротавирусов, циркулируюшей в различных странах; совместные исследования в области молекулярно-эпидемиологического мониторинга, изучение свойств различных генетических вариантов ротавирусов и эффективности иммунобиологических препаратов.