УДК: 616.98:579.861.1-07:577.21](476)
Год издания: 2013
ПЦР-определение серогрупп Neisseria meningitidis, выделенных в Беларуси в 2011–2013 гг.
Лебедев Ф.А., Титов Л.П.
Рубрики: 76.03.43
Республиканский научно-практический центр эпидемиологии и микробиологии
Тема НИР: «Разработать тест-систему на основе ПЦР для серотипирования штаммов Neisseria meningitides».
Сроки выполнения НИР: январь 2011 г. — декабрь 2013 г.
Научный руководитель: д-р мед. наук, проф., член-кор. НАН Беларуси Л.П. Титов.
Источник финансирования: госбюджет.
Neisseria meningitidis является одной из главных причин септицемии и менингита во всем мире: случаи менингококковой инфекции регистрируются повсеместно и составляют 1-3 на 100 тыс. населения в развитых и 10-25 на 100 тыс. в развивающихся странах. Заболеваемость менингококковым менингитом (и менингококкцемией) в Беларуси составила 1,3 на 100 тыс. в 2011 г. и 1,2 на 100 тыс. в 2012 г. Более 70% случаев составили пациенты в возрасте до 2 лет, смертность - 9,5-11%. Основная группа риска - дети до 14 лет.
Серогруппы менингококка А, В, С, Y и W135 ответственны более чем за 90% случаев менингококкового менингита (и менингококкцемии) в мире. В Беларуси мажорными серогруппами являются А (11%), В (42%), С (13%), также встречаются нетипируемые штаммы и штаммы минорных серогрупп Y, W135, 29E, X.
Цель - разработка метода мультиплексной ПЦР для определения основных клинически значимых серогрупп N. meningitidis (А, В, С, Y, W135 и 29E) и апробация данного метода. Материалом для исследований послужили 56 образцов ДНК менингококков (серогрупп А, В, С, Y, W135), выделенных от пациентов, контактных лиц и бактерионосителей в различных регионах страны в 2011-2013 гг. Также в работе использовались следующие контрольные штаммы менингококка: ATCC 13077 N. meningitidis (serogroup A), NCTC 10026 N. meningitidis (serogroup B), ATCC 13102 N. meningitidis (serogroup C), NCTC 11202 N. meningitidis (serogroup 29E) NCTC 11203 N. meningitidis (serogroup W135), ATCC 35561 N. meningitidis (serogroup Y).
Для серогруппового определения методом мультиплексной ПЦР были отобраны 6 пар праймеров, которые сгруппированы в две смеси по три пары праймеров каждая: смесь A-B-Y (mynA(А), siaD(B), siaD(Y) и смесь C-W135-29E (siaD(C), synG(W135), cap29EH(29E). Каждая смесь амплифицировалась в отдельной пробирке - две реакции на одну пробу.
Концентрации и состав компонентов реакционной смеси в ПЦР для определения серогрупп менингококков: конечная концентрация каждого праймера 10 пМ/мкл, Taq полимераза (5 ед./мкл) - 0,2 мкл, 10?ПЦР буфер с (NH4)2SO4 - 2,5 мкл, смесь нуклеотидов (dNTP Mix) (10 мМ) - 0,5 мкл, раствор MgCl2 (25 мМ) - 2 мкл, раствор ДНК - 1-10 мкл, вода добавляется в объеме, необходимом до доведения общего объема реакционной смеси до 25 мкл.
Условия амплификации для каждой реакции (смеси) унифицированы: первичная денатурация 95°С - 5 мин, 35 циклов: 95°C - 60 с, 55°C - 40 с и 72°C - 30 с, финальная элонгация 72°C - 10 мин.
Пример результатов постановки мультиплексной ПЦР с шести серогруппами N. meningitidis: А, В, С, Y, W135 и 29E (рисунок).
При оценке чувствительности мультиплексной ПЦР оценивали чувствительность каждой пары праймеров по реакции с ГЭ/мл. ДНК менингококка определенной серогруппы в диапазоне 101-106 ГЭ/мл. Чувствительность реакций варьировала от 102-103 ГЭ/мл: 102 ГЭ/мл - для праймеров siaD(Y), siaD(C), mynA(А), 103 ГЭ/мл - для праймеров cap29EH(29E), synG(W135), siaD(B). Чувствительность метода мультиплексной ПЦР принята равной 103 ГЭ/мл.
Проведено серотипирование 56 изолятов менингококков (серогрупп А, В, С, Y, W135), выделенных от пациентов, контактных лиц и бактерионосителей, поступивших в РНПЦ эпидемиологии и микробиологии из различных областей Беларуси в 2011-2013 гг. Все культуры (n = 56) менингококка успешно серотипированы данным методом: 47 культур (84%) - серогруппа В, 4 (7%) - серогруппа С, 3 (5%) - серогруппа А, 1 (2%) - серогруппа Y, 1 (2%) - серогруппа W135.
Выводы:
1. Разработан метод мультиплексной диагностической ПЦР для определения шести мажорных серогрупп N. meningitidis: А, В, С, Y, W135 и 29E, условия амплификации и концентрации реагентов для удобства метода унифицированы. Чувствительность метода составила 103 ГЭ/мл.
2. Проведена апробация метода на 56 изолятах менингококков (серогрупп А, В, С, Y, W135), выделенных от пациентов, контактных лиц и бактерионосителей в различных регионах Беларуси в 2011-2013 гг.: 47 культур (84%) - серогруппа В, 4 (7%) - серогруппа С, 3 (5%) - серогруппа А, 1 (2%) - серогруппа Y, 1 (2%) - серогруппа W135. Таким образом, метод может быть рекомендован в качестве альтернативы методу латекс-агглютинации (с преимуществом отсутствия нетипируемых штаммов данных серогрупп).
3. На основе данного метода разработана тест-система для определения серогрупп Neisseria meningitidis.
Область применения: микробиология, эпидемиология.
Рекомендации по использованию: может быть использован в качестве альтернативы методу латекс-агглютинации при серотипировании Neisseria meningitidis.
Предложения по сотрудничеству: производство тест-системы.