УДК: 616.831.9-002:578.7]-07:577.21
Год издания: 2013
Разработка диагностической тест-системы для выявления рнк-генома вируса лимфоцитарного хориоменингита методом ПЦР с детекцией продуктов реакции в режиме реального времени
Фомина Е.Г., Счесленок Е.П., Школина Т.В., Владыко А.С.
Рубрики: 76.03.41, 76.13.25
Республиканский научно-практический центр эпидемиологии и микробиологии
Тема НИР: «Разработать тест-систему для выявления вируса лимфоцитарного хориоменингита методом ПЦР в режиме реального времени».
Сроки выполнения НИР: январь 2011 г. — декабрь 2015 г.
Научный руководитель: д-р мед. наук, проф. А.С. Владыко.
Источник финансирования: госбюджет.
Вирус лимфоцитарного хориоменингита (ЛХМ) относится к семейству Arenaviridae и является возбудителем одноименного инфекционного заболевания. Клинические проявления вирусного лимфоцитарного хориоменингита варьируют от сравнительно легких гриппоподобных случаев (85%) до менингитов, менингоэнцефалитов (12-15%), а иногда водянки головного мозга (у новорожденных). Описано тератогенное действие вируса, а также острые молниеносные формы с летальным исходом.
В настоящее время интерес к данному вирусу проявляется с новой силой. Причиной этому служит появление целого ряда научных публикаций о заражении вирусом ЛХМ при пересадке органов. Описаны в литературе врожденные случаи ЛХМ. Смертность при врожденной патологии у таких детей составляет 35%, серьезные неврологические заболевания развиваются в 64% случаев. Несмотря на большую социальную значимость заболеваний, вызванных вирусом ЛХМ, гиподиагностика данной инфекции очевидна. Существенной проблемой является отсутствие высокочувствительных современных диагностических тест-систем для выявления генома вируса ЛХМ. В Республике Беларусь и в странах ближнего зарубежья такие тест-системы не производятся.
Цель -разработка тест-системы для выявления РНК-генома вируса ЛХМ в клиническом материале методом обратной транскрипции (ОТ) и полимеразной цепной реакции (ПЦР) с детекцией продуктов реакции в режиме реального времени по технологии TaqMan (с использованием гибридизационно-флюоресцентной пробы). Основой диагностической тест-системы являются специфические олигонуклеотиды (праймеры) и гибридизационная проба, комплементарные нуклеотидной последовательности генома вируса ЛХМ в 3,-нетранслируемой области S-сегмента. Праймеры фланкируют фрагмент генома размером 156 нуклеотидных оснований (позиции в геноме для прямого праймера - 3222-3240, для обратного праймера - 3361-3377, для гибридизационной пробы - 3331-3351), согласно нуклеотидной последовательности штамма Armstrong. Анализ результатов проводят с помощью программного обеспечения используемого прибора для проведения ПЦР c детекцией в режиме «реального времени». Анализируют кривые накопления флуоресцентного сигнала по каналу ROX для регистрации накопления продуктов амплификации фрагментов ДНК вируса ЛХМ и по каналу FAM для регистрации продукта амплификации ДНК ВКО. Наличие специфических фрагментов генетического материала вируса ЛХМ определяют с помощью контрольной положительной пробы (К+ПЦР), содержащей диагностически значимый фрагмент РНК вируса ЛХМ, амплифицированной в одном эксперименте с РНК, выделенной из клинических образцов. Разработанная тест-система позволяет с высокой чувствительностью (5-10 копий на реакцию) и специфичностью (99,9%) выявлять геном вируса ЛХМ.
Область применения: лабораторная диагностика вирусных инфекций, анализ эпидемиологической ситуации по ЛХМ в потенциальных природных очагах, трансплантология, тестирование иммунобиологических лекарственных средств (вакцин), в производственном цикле которых использовался мозг лабораторных мышей.
Рекомендации по использованию: тест-система может быть использована для выявления РНК вируса лимфоцитарного хориоменингита (ЛХМ) в клинических образцах пациентов (плазма крови, сыворотка, ликвор) и органах мышевидных грызунов.
Предложения по сотрудничеству: использование тест-системы в практике здравоохранения: республиканским и областными центрами гигиены, эпидемиологии и общественного здоровья; Минским городским центром гигиены и эпидемиологии; инфекционными больницами; в трансплантологии, а также при разработке иммунобиологических лекарственных средств (вакцин).