УДК: 616.155.392-036-11:575]-037-053.2
Год издания: 2014
Встречаемость перестроек гена MLL при острых лейкозах у детей
Кустанович А.М., Стеганцева М.В., Волочник Е.В., Пахомова И.В., Новикова О.Д., Алейникова О.В.
Рубрики: 34.15.23, 34.15.51
Республиканский научно-практический центр детской онкологии и гематологии
Тема НИР: «Разработка метода пациент-специфичного определения минимальной остаточной болезни у детей с MLL-позитивным лейкозом» в рамках подпрограммы «Медицинская биотехнология» ГП «Инновационные биотехнологии».
Сроки выполнения НИР: 2014–2015 гг.
Научный руководитель: д-р мед. наук, чл.-кор. О.В. Алейникова.
Источник финансирования: госбюджет.
Острый лейкоз (ОЛ) - наиболее распространенное злокачественное заболевание в детском возрасте. ОЛ имеет генетическую природу, т.е. возникает и развивается в результате генетических нарушений, происходящих в родоначальной кроветворной клетке. Кариотип лейкемических клеток является одним из важнейших независимых прогностических критериев при ОЛ. Выявление хромосомных аберраций позволяет проводить стратификацию пациентов для назначения адресной полихимиотерапии, а также влияет на исход заболевания.
При лейкозах - как остром лимфобластном (ОЛЛ), так и остром миелобластном (ОМЛ) выделяют группу хромосомных перестроек с участием гена MLL (от mixed lineage leukemia, KMT2a, HRX, Htrx-1, ALL-1), расположенного в локусе 11q23. Перестройки с участием гена MLL можно отнести к наиболее распространенным аберрациям при гематологических злокачественных новообразованиях. Они выявляются в 5-10% при ОЛЛ детей и взрослых, ОМЛ, миелодиспластическом синдроме и бифенотипическом лейкозе. Наличием перестроек с вовлечением MLL также характеризуются 80% лейкозов у детей до года и 25% вторичных или вызванных терапией лейкозов. В настоящее время идентифицировано свыше 60 генов-партнеров, участвующих в таких транслокациях - AF9, AF6, AF10, AF1, AF4, ENL, ELL и др.
Дети с перестройками гена MLL характеризуются неблагоприятным прогнозом. Хотя появляются данные о том, что прогноз может определяться конкретным типом химерного гена (например, пациенты с MLL-AF9 характеризуются более благоприятным течением заболевания), в целом перестройки гена MLL относятся к неблагоприятным прогностическим признакам.
Анализ перестроек гена MLL имеет существенное клиническое значение для распределения пациентов с лейкозами по группам риска с целью оптимизации терапии с учетом неблагоприятного прогноза транслокаций MLL, а также для мониторинга минимальной остаточной болезни, т. е. определения остаточных опухолевых клеток в организме пациента и предупреждения развития рецидива (возврата) заболевания. Поэтому определение типа перестройки гена MLL является необходимым условиям успешной терапии.
Методы определения наиболее распространенных химерных онкогенов с вовлечением гена MLL. Для выполнения работы нами использовалось несколько подходов к оценке экспрессии основных перестроек гена MLL. При первичном поступлении материала -- костного мозга (КМ) пациентов на момент постановки диагноза проводилось выявление перестроек с использованием коммерческого набора Hemavision (Дания). Данный набор рассчитан на выявление 28 химерных генов, распространенных при острых лейкозах. Этот набор позволял определять экспрессию генов MLL-AF1, MLL-AFX, MLL-AF4, MLL-AF6, MLL-AF9, MLL-AF10, MLL-ENL, MLL-ELL. Методической основой набора послужила статья N. Pallisgaard et al. Параллельно проводился анализ с использованием протокола BIOMED-1, который подтверждает результаты Hemavision в отношении гена MLL-AF4 и дополнительно позволяет выявлять редкие варианты этого химерного гена. В настоящее время для определения перестроек гена MLL при первичных лейкозах в нашей практике используется метод PMRT-PCR, позволяющий в двух реакциях (18 праймеров) определять экспрессию генов MLL-AF4, MLL-AF6, MLL-AF9, MLL-AF10, MLL-ENL, MLL-ELL. Вышеуказанные подходы явились стандартом для разработки собственного метода, основанного на мультиплексной гнездной ПЦР для определения основных клинически значимых перестроек гена MLL при острых лейкозах у детей (Leukogene) (таблица 1).
За период анализа первичных острых лейкозов для диагностики перестроек с участием гена MLL использовалось несколько методик, которые позволяли определять экспрессию различного набора генов (таблица 1). Результаты, полученные с применением ПЦР, сопоставлялись с данными лаборатории цитогенетики. В ряде случаев при отсутствии экспрессии химерных онкогенов первичные лейкозы пациентов в возрасте до 2 лет анализировались методом флуоресцентной гибридизации in situ (FISH).
* PMRT - Andersson, HV - Hemavision (DNA-technology, Denmark) основан на статье Pallisgaard, Biomed -Van Dongen, LG (LeukoGene) - разработанный нами в период выполнения работы подход, позволяющий определять 23 химерных онкогена при острых лейкозах (2012).
Встречаемость и спектр MLL-перестроек при остром лейкозе у детей. В ходе выполнения работы проводился анализ экспрессии перестроек гена MLL с вовлечением различных генов-партнеров в образцах КМ пациентов с ОМЛ, лечившихся в Республиканском научно-практическом центре детской онкологии, гематологии и иммунологии с мая 1999 г. по сентябрь 2012 г.
При анализе острых лейкозов перестройки гена MLL с использованием ПЦР были определены у 8,6% (69/802) детей, которым изначально ставился диагноз «острый лейкоз». По причине использования в течение анализируемого периода различных методов - число пациентов, проанализированных на наличие химерных генов, различалось в зависимости от типа гена. Кроме того, в указанную группу не включены лица с M3, вошли пациенты из-за рубежа, поэтому реальная встречаемость перестроек гена MLL может несколько отличаться от указанного значения.
При рецидивах ОЛ группы были значительно меньше, но встречаемость MLL-позитивных (MLL+) ОМЛ составила 34,7%, а MLL+ОЛЛ - 10,6% (таблица 2). Отмечены также единичные случаи других перестроек с участием гена MLL (MLL-AF1q, MLL-AFX, MLL-AF6). Встречаемость различных перестроек гена MLL позволяет отнести эту группу хромосомных аберраций к одной из самых распространенных при остром лейкозе.
Из 97 первичных ОМЛ (не включая M3), 31 (31,9%) характеризовался перестройками гена MLL (таблица 3). Следует отметить, что в группу без перестроек вошли пациенты с цитогенетическими доказательствами наличия перестроек t(8;21), inv(16) или t(16;16). Таким образом, перестройки гена MLL являются одним из наиболее распространенных типов генетических изменений при ОМЛ (не-M3) у детей.
Анализ спектра и встречаемости генов-партнеров показал, что наиболее распространенными типами генов являются MLL-AF9 (52%) или MLL-AF10 (23%), которые определяются в 75% случаев. По данным зарубежных исследований, встречаемость MLL-AF9 варьировала в диапазоне от 31,3 до 61,3%, MLL-AF10 - от 6,5 до 33,3%. 2 пациентов (6%) отмечены гены MLL-AF6 и MLL-ENL, в одном случае определялся MLL-ELL, цитогенетически идентичный по локализации гену MLL-ENL. В 2 случаях в качестве партнеров выступали гены семейства септинов - SEPT6 и SEPT9, характерные для ОМЛ, в одном - MLLT11 (AF1q). У пациентов с MLL-AF1q, MLL-SEPT6 и MLL-SEPT9 ген-партнер был идентифицирован с использованием анализа точки разрыва на уровне геномной ДНК. Дополнительные цитогенетические изменения присутствуют в 57% MLL+ ОМЛ, при этом трисомия 8 хромосомы, которая рассматривается как самое распространенное дополнительное цитогенетическое изменение, встречается в 17,8% случаев (5/28).
При ОЛЛ наиболее распространенными химерными генами с вовлечением MLL были MLL-AF4 (1,9%, 9/462) и MLL-ENL (2%, 7/349), встречались также MLL-AF9 (1,15%4/349,) и MLL-AF10 (0,57%, 2/348), не определялись MLL-AF6 (0/365) и MLL-ELL (0/344). Практически все эти гены были характерны для В-линейного ОЛЛ, в 58,8% лейкозные клетки характеризовались про-В подтипом. При Т-линейном ОЛЛ были отмечены только 2 случая экспрессии MLL-ENL.
Частота встречаемости различных перестроек гена MLL позволяет отнести эту группу хромосомных аберраций к одной из самых распространенных при остром лейкозе как на момент постановки диагноза, так и при рецидиве. К наиболее распространенным генам-партнерам MLL, определяющимся при MLL+ ОЛ, можно отнести гены AF4, AF9, ENL, AF10. Структура генов - их частота и спектр при ОЛЛ в нашем исследовании соответствует данным литературы [2].
Особенности межлинейной экспрессии перестроек с вовлечением гена MLL. Встречаемость различных вариантов перестроек с участием гена MLL различается в зависимости от линейной принадлежности бластных клеток. При ОМЛ преимущественно определяются химерные гены MLL-AF9 и MLL-AF10, при ОЛЛ - MLL-AF4 и MLL-ENL. В то время как MLL-AF4 в нашей работе был обнаружен только при ОЛЛ, гены MLL-AF9, MLL-AF10 и MLL-ENL определяются как при ОМЛ, так и при ОЛЛ, что позволяет предположить вклад вторичных изменений или микроокружения в формировании линейности лейкоза. Следует отметить, что экспрессия MLL-AF4 описана в отдельных случаях при ОМЛ (1,6%, 13/768 MLL+ ОМЛ). Существует предположение, что линейная специфичность может быть связана с типом химерных транскриптов. Так, ОЛЛ чаще ассоциирован с перестройками MLL-ENL, в ходе которых MLL сливается c N-концевым участком ENL (bcr1 и bcr3), тогда как при ОМЛ чаще выявляются слияния с С-концевой областью (bcr2 и bcr4).
Распределение перестроек гена MLL в пределах различных подтипов острых лейкозов также неравномерно. При ОМЛ в 61 и 71 соответственно экспрессия химерных генов MLL-AF9 и MLL-AF10 определялась при M4/M5 подтипах. При ОЛЛ MLL-AF4 экспрессировался при про-В подтипе, MLL-ENL определялся как при В- (на разных стадиях), так и при Т-линейном ОЛЛ (кортикальный Т-ОЛЛ).
Таким образом, нами сделаны следующие выводы:
1. Была проанализирована экспрессия 10 химерных генов с вовлечением гена MLL: MLL-AF4, MLL-AF6, MLL-AF9, MLL-AF10, MLL-ENL, MLL-ELL, MLL-AF1q, MLL-AFX, MLL-AF1P, MLL-AF17. Наиболее распространенными генами-партнерами при детских лейкозах являются AF4, AF6, AF9, AF10, ENL, выявляемые в 26% ОМЛ (не-М3) и в 7,3% ОЛЛ. Структура генов - их частота и спектр при ОЛЛ в нашем исследовании соответствует данным литературы.
2. Встречаемость различных вариантов перестроек с участием гена MLL различается в зависимости от линейной принадлежности бластных клеток. При ОМЛ преимущественно определяются химерные гены MLL-AF9 и MLL-AF10, при ОЛЛ - MLL-AF4 и MLL-ENL.
При рецидивах частота встречаемости MLL+ ОЛЛ составила 12% (n=14), а MLL+ ОМЛ - 34,7% (n=23).
Область применения: онкология, гематология, трансфузиология.
Рекомендации по использованию: полученные результаты являются исходными данными для разработки схемы молекулярно-генетической диагностики перестроек гена MLL при лейкозах, а также для создания системы мониторинга остаточных опухолевых клеток.
Предложения по сотрудничеству: результаты, полученные в ходе выполнения проекта, перспективны в плане дальнейшего практического применения, могут быть могут быть использованы в фундаментальных исследованиях по биологии опухолевой клетки, а также внедрены в практику профильных лечебных учреждений. Совместные исследования по тематике. Сотрудничество в области диагностики и исследования биологии лейкозных клеток.