УДК: 575.174.2:616.65-006.6
Год издания: 2014
Распространенность и диагностическая значимость гиперметилирования промоторных областей 11 генов-супрессоров при раке предстательной железы
Силин А.Е., Мартинков В.Н., Надыров Э.А., Пестриков Е.В., Либуркин О.М., Задорожнюк А.А., Ачинович С.Л., Тропашко И.Б., Силина А.А., Мартыненко С.М.
Рубрики: 34.15.23, 76.29.49
Республиканский научно-практический центр радиационной медицины и экологии человека
Тема НИР: «Провести анализ молекулярно-генетических особенностей различных патологий предстательной железы с целью разработки метода ранней диагностики злокачественного процесса на основе тестирования генетических маркеров».
Сроки выполнения НИР: январь 2011 г. — декабрь 2013 г.
Научный руководитель: канд. биол. наук А.Е. Силин.
Источник финансирования: госбюджет.
В последнее десятилетие при поиске новых маркеров злокачественных новообразований, включая рак предстательной железы (РПЖ), все большее внимание уделяется молекулярно-генетическим маркерам. Известно несколько десятков генов и их продуктов, которые потенциально вовлечены в развитие РПЖ и могут в той или иной степени рассматриваться в качестве маркеров злокачественного процесса. Особое внимание в настоящее время уделяется эпигенетическим событиям, происходящим в опухолевых клетках, а именно - изменение статуса метилирования ДНК в области промоторов генов-супрессоров. Так называемое сверхметилирование (гиперметилирование) приводит к полной инактивации генов, продукты которых являются ключевым фактором регуляции клеточной пролиферации и апоптоза. Установлено, что инактивация генов-супрессоров опухоли, ассоциированная с гиперметилированием промоторной области, является таким же характерным признаком опухолей человека, как и генетические нарушения, и служит альтернативным механизмом потери функции генов-супрессоров. Особенностью гиперметилирования является неоднородность его проявления в злокачественных новообразованиях различных локализаций. Так, при одной форме рака ген может быть метилирован в подавляющем большинстве случаев, в то время как при другой форме метилирование данного гена практически отсутствует. При этом показано, что по некоторым генам метилирование наблюдается как в нормальной ткани изучаемого органа, так и при доброкачественных изменениях. Исходя из этого, для создания высокочувствительной диагностической панели генетических маркеров РПЖ необходимо подобрать гены-супрессоры, метилирование которых существенно при РПЖ, но крайне редко встречается либо отсутствует при доброкачественной патологии и в нормальной ткани предстательной железы.
Цель - выявление наиболее значимых генов для формирования панели генетических маркеров дифференциальной диагностики рака предстательной железы.
Основная группа исследования сформирована из 114 пациентов с диагнозом «Рак предстательной железы», проходивших обследование и лечение в У «ГОКОД» в период 2011-2013 гг. Средний возраст пациентов в данной группе составил 70,3 года. В качестве сравнения послужила группа 60 пациентов с доброкачественной гиперплазией предстательной железы ДГПЖ (средний возраст 67,9 года), а также аутопсийный материал 24 лиц без патологии предстательной железы (средний возраст 28,3 года).
ДНК для молекулярно-генетического анализа выделялась из ткани предстательной железы. Молекулярно-генетический анализ статуса метилирования посредством метода метилспецифической полимеразной цепной реакции (ПЦР) проводили по 11 различным генам-супрессорам: RARβ, HIN1, GSTP1, CCND2, CDH1, APC, DAPK, RASSF1A, p16, hMLH1, BRCA1.
В результате молекулярно-генетического анализа группы лиц без патологии предстательной железы установлено, что в подавляющем большинстве случаев метилирование промоторных областей исследуемых генов-супрессоров отсутствует. Единичные случаи метилирования отмечены для генов RARβ, APC, HIN1 и BRCA1. При этом метилирование наблюдалось только по какому-либо одному из 11 проанализированных генов.
В группе пациентов с ДГПЖ в подавляющем большинстве случаев метилирование по 11 исследуемым генам либо отсутствовало, либо было представлено единичными случаями. В то же время был выявлен ряд случаев, когда метилирование распространялось на два и более гена. Наиболее метилированными в группе ДГПЖ оказались 4 гена - RARβ, CCND2, HIN1 и RASSF1A. Отсутствие метилирования наблюдалось по 5 генам - DAPK, hMLH1, p16, CDH1 и BRCA1.
В исследованной группе пациентов с РПЖ из 11 проанализированных выявлены два гена, по которым не выявлено ни одного случая метилирования - DAPK и CDH1. По трем генам наблюдались единичные случаи метилирования. Так, по генам hMLH1 и p16 из 114 случаев РПЖ метилирование отмечено по каждому гену только в одном случае. Для BRCA1 метилирование выявлено у двух пациентов. Учитывая крайне низкий процент метилирования этих трех генов при РПЖ, а также то, что по гену BRCA1 метилирование присутствовало в нормальной ткани предстательной железы, использование в диагностической практике генов hMLH1, p16 и BRCA1 нецелесообразно.
По остальным 6 генам (RARβ, GSTP1, APC, CCND2, HIN1, RASSF1A) в группе РПЖ метилирование выявлено у подавляющего большинства пациентов. Наиболее метилированным оказался ген RARβ. По этому гену гиперметилирование промоторной области выявлено в 84,7±4,2% случаев. Частота метилирования генов HIN1, GSTP1, RASSF1A, APCи CCND2 составила в группе РПЖ 80,6±4,7, 80,3±4,7, 75,3±5,0, 73,6±5,2 и 68,5±5,4% соответственно.
Метилирование хотя бы по одному гену в группе пациентов с РПЖ присутствовало в 90,4±3,4% случаев.
Таким образом, на основании анализа можно заключить, что среди 11 генов-супрессоров наиболее информативными являются 6 - RARβ, GSTP1, APC, CCND2, HIN1 и RASSF1A, которые могут быть отнесены к генам-кандидатам для формирования диагностической панели генетических маркеров злокачественного процесса предстательной железы. В то же время обращает на себя внимание высокий процент случаев гиперметилирования гена RASSF1A в группе пациентов с ДГПЖ. Использование данного гена в панели генетических маркеров может снизить специфичность метода дифференциальной диагностики РПЖ на основе тестирования гиперметилирования.
Дальнейший анализ был направлен на создание оптимального набора генетических маркеров, позволяющих максимально точно осуществлять дифференциальную диагностику РПЖ и ДГПЖ. Для этого были изучены диагностические характеристики моделей, включающих разное число и комбинации генов. Сопоставление моделей проводилось путем оценки площади под характеристической кривой и значений чувствительности и специфичности моделей в рамках выполнения ROC-анализа в статистическом пакете SPSS 13.0.
В результате анализа установлено, что из всех рассмотренных моделей наиболее эффективной для дифференциальной диагностики ДГПЖ и РПЖ является модель, согласно которой с высокой вероятностью в группу РПЖ следует относить пациентов с метилированием не менее двух генов из набора GSTP1, APC, CCND2. Чувствительность метода дифференциальной диагностики в этом случае составляет 79,5%, специфичность - 95,1% при 2-х и более метилированных генах. Рассчитанное отношение шансов для наличия злокачественного процесса у пациентов с новообразованиями ПЖ OR=75,4 (уровень значимости <0,001). Данная модель наряду с достаточно высокой диагностической эффективностью (85%) довольно практична, так как для получения результата требуется определение статуса метилирования лишь трех генов.
Область применения: лабораторная диагностика, онкология.
Рекомендации по использованию: молекулярно-генетический анализ статуса метилирования генов-супрессоров может быть использован при необходимости дифференциальной диагностики доброкачественной гиперплазии и рака предстательной железы при гистологической картине, подозрительной в отношении на малигнизации, а также при несоответствии клинических и лабораторных данных гистологической картине биоптата.
Предложения по сотрудничеству: совместные исследования, поиск дополнительных маркеров для дифференциальной диагностики РПЖ и ДГПЖ.