Заболевания верхних дыхательных путей являются наиболее распространенной инфекционной патологией человека и занимают первое место среди причин временной утраты трудоспособности. Удельный вес коронавирусной инфекции в структуре возбудителей острых респираторных вирусных инфекций (ОРВИ) по данным литературы составляет около 10-15 % в год. Коронавирусы человека (HCoVs) являются причинной респираторных заболеваний различной степени тяжести, включая как легкие, так и тяжелые формы течения заболевания (бронхит и пневмония). Сегодня HCoVs признаны одними из наиболее быстро развивающихся вирусов из-за высокой скорости замещения геномных нуклеотидов, способных преодолевать межвидовой барьер. В настоящее время для выявления и идентификации респираторных вирусов, в т. ч. коронавирусов, широко используют молекулярные методы, специфичность которых основана на уникальности нуклеотидных последовательностей вирусных геномов. Внедрение метода ПЦР в режиме реального времени в лабораторную практику стало одним из наиболее важных событий в клинической лабораторной диагностике. В настоящее время на рынке страны присутствует мультиплексный набор реагентов «ОРВИ-скрин» («АмплиСенс», Российская Федерация), который позволяет выявлять только родовую принадлежность вирусов, но не дает возможность проводить дифференциальную видовую диагностику коронавирусной инфекции. Такой подход в диагностике ограничивает возможность оценки вклада каждого типа респираторных коронавирусов в развитие инфекционного заболевания, и следовательно, предпосылки разработки эффективных средств для специфической терапии и усовершенствования эпидемиологического надзора за ОРВИ.

Цель исследования - разработка технологии и организация производства набора реагентов «КОРОНА-ген» для выявления респираторных коронавирусов 229Е, NL63, BetaCoV1, HKU1 методом ПЦР в режиме реального времени.

В рамках исследования проведен анализ нуклеотидных последовательностей респираторных коронавирусов 229Е, NL63, BetaCoV1, HKU1 и подобраны праймеры и зонды к консервативным участкам генома - гену нуклеокапсида (N). Отработаны условия постановки ПЦР для реакционной смеси объемом 25 мкл в формате триплексной ПЦР. Для контроля качества ПЦР разработаны рекомбинантные плазмидные конструкции на основе вектора JET1.2/blunt: JET1.2/blunt/ N/229E, JET1.2/blunt/N/BetaCoV1, JET1.2/blunt/NL63, JET1.2/blunt/ OFR1b/HKU1 и JET1.2/blunt/18sRNA. Проведена оценка аналитических характеристик разработанного набора «КОРОНА-ген», в ходе которой были определены следующие аналитические параметры: аналитическая чувствительность составила 1*10³ Гэ/мл, аналитическая специфичность - не менее 98 %. Для серийного производства набора «КОРОНА-ген» разработаны нормативно-технические документы (ТУ, лабораторный регламент, инструкция по применению набора), а также процедура государственной регистрации набора и получено регистрационное удостоверение № ИМ-7. 107619 от 21.09.2019.