Сегодня уже существует ряд методов лечения вируса иммунодефицита человека (ВИЧ), которые позволяют перевести заболевание в хроническую форму и продлить жизнь зараженных людей. Имеющиеся препараты направлены против разных стадий жизненного цикла вируса - одни из них блокируют механизм проникновения вируса в клетку, другие выводят из строя вирусную обратную транскриптазу - фермент, при помощи которого вирус переписывает свою наследственную информацию в геном хозяйской клетки. Все эти методы, однако, не позволяют вылечить те клетки, в геном которых вирус уже успел переписаться. Пока в геноме зараженной клетки присутствует провирус (так называется копия вирусного генома, встроенная в хозяйский геном), вирус будет постоянно воскресать. Германские ученые при помощи метода искусственной эволюции получили фермент, способный находить провирус ВИЧ в геноме клетки и вырезать его оттуда. За основу был взят белок Cre (cyclic recombinase), относящийся к классу так называемых сайт-специфичных рекомбиназ (site-specific recombinase). Этот белок, широко применяемый биологами для различных манипуляций с ДНК, изначально был выделен из вируса-бактериофага P1. Белок Cre узнаeт две расположенные на некотором расстоянии друг от друга последовательности из 34 нуклеотидов и вырезает участок ДНК, расположенный между ними. Последовательность, распознаваемая белком Cre, получила название LoxP (locus of X-over P1) У провируса ВИЧ на концах имеются особые последовательности-палиндромы, или обращенные повторы (так называемые long terminal repeats, LTR) - это характерная черта многих вирусов и мобильных генетических элементов, таких как транспозоны и ретротранспозоны. Ученые решили искусственно вывести такую разновидность белка Cre, которая вместо "родной" последовательности LoxP узнавала бы какой-то участок концевых повторов провируса ВИЧ. Сначала в концевых повторах ВИЧ был найден участок, наиболее сходный с LoxP. Его назвали LoxLTR. Сходство оказалось довольно низким: совпадало лишь 17 нуклеотидов из 34. Исходный белок Cre наотрез отказался "признавать" эту последовательность. Не помогло и внесение в белок разнообразных небольших изменений (мутаций). Стало ясно, что для создания необходимого фермента в белок Cre должен быть внесен целый комплекс изменений, который невозможно угадать методом проб и ошибок - слишком много вариантов пришлось бы перебрать. Тогда ученые решили расчленить задачу, оказавшуюся слишком сложной, на составные части, и решать их по отдельности. Для этого было изготовлено и внедрено в геном подопытного объекта (кишечной палочки) несколько модифицированных вариантов LoxLTR, более похожих на LoxP, чем исходная версия. "Задача" в данном случае - это 17 нуклеотидов, отличающих LoxLTR от LoxP, а "расчленение задачи" состояло в том, что каждый из модифицированных вариантов LoxLTR содержал лишь некоторые из этих 17 отличий, а в остальном был идентичен LoxP. Теперь дело пошло лучше: для каждого из модифицированных вариантов LoxLTR удалось подобрать такие модификации Cre, которые хоть и с трудом, но всe же узнавали их. Так из различных вариантов белка Cre были отобраны "перспективные кандидаты". В них снова раз за разом вносили небольшие случайные изменения и проводили отбор на способность распознавать данную последовательность нуклеотидов. В результате были получены белки, уверенно и безошибочно распознающие тестируемые последовательности нуклеотидов (модифицированные LoxLTR) и вырезающие куски ДНК, расположенные между ними. Ни один из этих белков, однако, еще не мог распознать реальную последовательность LoxLTR - ту, которая присутствует в геноме ВИЧ. Каждый из них научился узнавать лишь отдельные признаки этой последовательности. Это произошло благодаря тому, что в каждом белке зафиксировались определенные полезные мутации - в каждом случае разные. Теперь нужно было объединить их все в одной белковой молекуле. Для этого ученые стали комбинировать фрагменты отобранных белков, и среди получившихся вариантов нашлись такие, которые с низкой эффективностью могли вырезать провирус ВИЧ из генома. Еще несколько циклов искусственной эв